Kerajaan secara umum menghormati hak ibadah bukan-Muslim, namun kerajaan negeri berhati-hati mengawal pembangunan tempat ibadah bukan Muslim dan peruntukan lahan untuk pemakaman bukan Muslim. Perjanjian untuk izin tersebut kadang-kadang diberikan sangat lambat.

Masyarakat Katolik Shah Alam telah melobi kerajaan negeri untuk izin untuk membina sebuah gereja di bandar itu selama lebih dari 10 tahun. Tidak sampai baru-baru ini bahawa kebenaran tersebut akhirnya dikabulkan. Gereja dibuka pada tarikh 10 September 2005.

Modal pra-rancangan baru dari Malaysia, Putrajaya, memiliki masjid agung sebagai ciri-ciri menonjol dari masyarakat yang dirancang. Pada tarikh 16 Februari 2005, Uskup Agung Murphy Pakiam mengumumkan bahawa kerajaan Malaysia telah murah hati memperuntukkan sebidang tanah di Putrajaya ke Keuskupan Agung Kuala Lumpur untuk membina sebuah pusat pengurusan komuniti gereja Katolik. Jawatankuasa Bangunan Gereja Katolik Putrajaya ditubuhkan pada tarikh 3 Oktober 2005. Menurut jawatankuasa, "Perancangan seni bina dan reka bentuk akan memenuhi keperluan Liturgi memuji suasana hijau subur Putrajaya dan lanskap. Kami membayangkan gereja Putrajaya menjadi ciri dari masyarakat Katolik di Malaysia dan memaparkan warisan yang kaya Katolik Malaysia."